复旦大学锚定“文科做精、理科做尖、工科做强、医科做新、交叉做活”的学科发展方针，推动学科交叉融合发展，巩固拓展自主自强的办学格局，加综合性创新型大学建设。
一是人文社科守正创新，激活文化传承创新“源动力”
以马克思主义学科群夯实自主知识体系建设根基，实施“主干学科+特色方向”双轨推进，构建“经典诠释一现实观照一前沿探索”三维学科体系，推动人文社科基础研究与应用领域、理论创新与现实实践融合服务中国特色自主知识体系建设。
以高水平研究基地建强学术研究矩阵，持续推进建设教育部联合研究院等重要平台基地，与上海市政府组建上海人民城市研究院，推进“中国式现代化行动研究实验基地2.0”建设。
以高质量成果项目赋能学科创新发展，着力打磨“传世之作”学术精品，积极推进“中华早期文明跨学科研究计划”和“古文字与中华文明传承发展工程”，加强“当代中国话语”创新研究。
二是理工学科做尖做强，服务国家战略“主战场
基础研究蓄力深化，实施校内“原创科研个性化支持项目”“原始创新重点支持计划”等，实行经费总额包干制、十年免考核机制，为具有优秀研究能力、甘坐“冷板凳”的科研人员提供稳定的经费支持和宽松的发展环境。
平台支撑稳步增强，积极布局高性能电镜中心等校级科研服务共享平台，提升基础理学领域的研究效益与质量，筹建多领域国家级科研合作重点支撑项目，依托数学、生物学等国家高层次人才培养中心，着力提升上海数学中心、国家野外科学观测研究站等国家级科研平台的建设水平，增强平台在学科领域的辐射引领作用，夯实基础学科发展动能。
工科布局聚力拓展，印发《统筹推进教育科技人才体制机制一体改革实施方案》，调整全校各相关院系、机构、平台，举全校之力实体化建设集成电路与微纳电子、计算与智能、未来信息等六大创新学院，加快形成强国所需、特色鲜明、融合发展的新工科学科布局。
三是医学学科提质升级，打造医科创新发展“新高地”。
加强学科集群建设，基础医学立足神经生物学、病原生物学与免疫学、分子生物学与生理学、医学形态学四大“学科群”建设。
布局未来前沿学科，超前布局推进智能医学未来学科建设，重点布局推进医学遗传与精准诊疗、法庭科学与技术、老年医学与健康、医学技术与器械装备、再生医学等学科建设，培育前沿交叉增长点，
深化产学研协同发展，推动创新研究成果从“书架"走向“货架”近五年在新药创制方面签署十余项合同金额超亿元的专利许可转让项目，
四是交叉学科深化布局，探索前沿科学“无人区”
构建人工智能生态圈，集聚人才、算力、数据、产业与创投资源，牵头组建战略性新型研发机构上海科学智能研究院，打造科学智能(Al for Science)“三级圈层”生态，构建复旦大学智能算力平台(CFFF)全链条培训体系，开展“X+AI"博硕双学位，支持学有余力的博士生同时攻读AI硕士。
激发科研机构高效能，围绕国家战略需求和学科前沿发展趋势新建一批实体运行科研机构，推动学科交叉融合高质量发展。
打造学术发展共同体，在校级层面成立交叉研究发展中心(筹)，在二级单位探索建设以学科为议事单元、以学术共同体为议事主体的创新型学科管理体制，推动学科交叉创新与重点科研方向的有机融合。
