中医临床基础学科由伤寒论、金匮要略和温病学三个研究方向组成，学科奠基人是上世纪八十年代在国内中医界享有盛名的王乐匋、胡煌玙、周夕林3位教授。2003年获批硕士学位授权点，2014年开始获得博士研究生招生资格。现学科带头人为国家中医药管理局、教育部、国家卫生计生委联合表彰的全国中医药高等学校教学名师储全根教授。学科本着“立足经典，传承创新”的理念，历经几代人的努力，在教学、科研及临床等方面取得了丰硕成果。
学科现有教授5人（其中博导2人，博士后合作导师1人），副教授5人，讲师7人，具有博士学位者15人。拥有全国中医药高校教学名师1人，全国第七批老中医药专家学术经验继承工作指导老师1人，安徽省领军人才（教学名师）1人，安徽省中医药领军人才1人，安徽省教学名师3人，安徽省名中医3人。拥有省级线下一流课程两门（《伤寒论》《温病学》），省级教学创新团队和校级教学团队各1个。先后承担国家自然科学基金项目7项，省部级及其他各级各类科研项目20余项，总科研经费接近1000万元，发表学术论文300余篇。主编、副主编与参编国家规划教材30多部，出版学术著作20余部。以经典为主，结合安徽地域医学流派新安医学开展研究是本学科的优势与特色。
研究方向一：伤寒论研究。该研究方向以张仲景《伤寒论》学术思想为核心，秉承“立足经典，传承创新”的理念，结合安徽地域新安医学特色，着力于仲景学术理论与临床应用研究。重点开展仲景辨证论治规律、经方防治糖尿病等疑难病症的效应和作用机制研究。同时，积极推动《伤寒论》教学改革与创新，深化经典理论与临床实践的有机融合。
研究方向二：金匮要略研究。该研究方向以《金匮要略》杂病辨证论治体系为研究重点，围绕外感病及内伤杂病的辨证论治规律、方药配伍特点及其临床应用开展系统研究。注重仲景学说在外感病及内伤杂病辨证论治规律、病-证-方相关性及其生物学基础等方面的探索，结合现代科学技术手段深入开展经方临床应用及其作用机制研究。在教学中融入循证学习模式和PBL教学方法，积极推进金匮要略课程的教学改革创新。
研究方向三：温病学研究。该研究方向秉承新安医家温病学学术思想与临床经验，以温病理法方药与临床应用研究为核心，是全国高等学校中医学类专业核心课程《温病学》课程联盟理事单位。重点围绕外感热病证候本质及其治疗方药、温病治法及临床运用、外感病证候规范化等方面开展基础和临床研究。在教学中积极探索四阶段模块化、翻转课堂、案例教学等多元化教学方法，致力于将人工智能等现代技术融入温病学课程教学改革，不断提升教学质量和人才培养水平。
