微生物与生化药学是我校校级重点学科，建立于2012年，并于2012年首次招收本专业硕士研究生。本学科以中西医结合学院（生命科学学院）的病原生物学与免疫学、生物化学与分子生物学教研室专职教师为主，并吸收来自药学院和学校科研中心的部分老师和科研人员。通过人才引进和自身培养，逐渐形成了一支学缘结构合理、研究背景多样、以中青年教师为主的学科队伍。目前学科团队已获得省部级奖项5项，获批国家级课题20余项，在一区TOP高水平杂志发表论文20余篇，微生物来源中药成果转化1项，获批国家发明专利20余项，省级人才项目2人次。在领域内，本学科已形成了较好的国内影响力。
经过数年坚持不懈的建设和努力，学科已经成为我校基础良好、发展潜力巨大的学科。目前有专职教师21人，其中20人具有博士学位。有博士研究生导师7名，硕士研究生导师17人。研究方向主要聚焦于中医药调节免疫抗感染作用机制和产品的开发、中医药防治自身免疫病得到药理作用机制和产品的开发、微生物来源药食两用中药产品的开发等方面。依托中西医结合研究所科研平台以及教研室自身的实验条件，通过多年来科研条件的不断完善。目前本学科也是我校药学院本科实习基地，每年接收大量生物制药、药学、中药学等专业实习生。硕士与博士研究生招生规模不断扩大，培养的人才质量稳步提高。近3年来共招收博士研究生3名，硕士研究生40余名，硕士生毕业30余人。
研究方向之一：中医药调节免疫抗感染作用机制研究和产品的开发。该研究方向秉承中医扶正祛邪的治法理念，运用现代科学技术手段，着力于解析常用清热解毒中药和常用经典方剂的调节固有免疫系统抗耐药性病原菌的黏膜感染、肺部感染，消化道感染的作用机制，并致力于相应中医药抗耐药菌感染的相关产品开发。
研究方向之二：中医药防治自身免疫病的作用机制研究和产品的开发。该研究方向秉承“急则治标，缓则治本，标本兼治”的中医理论，运用现代科学技术手段，着力于解析常用经典方剂和院内制剂及其有效成分调节免疫系统治疗炎症性肠病、类风湿性关节炎等常见自身免疫病的作用机制，并致力于相应中医药抗自身免疫病的相关产品开发。
研究方向之三：微生物来源药食两用中药产品的开发。本研究方向立足安徽地区微生物来源药食两用中药资源，面向高价值的冬虫夏草、桑黄、牛樟芝等特色中药品类，开展拟生态培育工作。在保证中药品质的基础上，将突破产地、生长周期和生产成本的限制，开发出商业化、高价值的微生物来源药食两用中药产品。
