方剂学科是中医基础通向临床的桥梁学科，1998年获硕士学位授予权。现为安徽省高峰学科、博士学位授权学科—中医学学科的主干二级学科，为安徽省重点学科。学科逐步发展壮大，1986年成为方剂学硕士学位授权学科，《方剂学》课程2007年被遴选为省级精品课程，2008年评为中医学学科（安徽省A类重点学科）的骨干建设学科，2012年评为安徽省重点学科，2013年评为安徽省精品资源共享课程，2019年成为方剂学省级MOOC、省级精品线下开放课程，2020年评为安徽省精品线下开放课程和省级教学示范课，同年获批省级教学团队，2023年获批国家级一流课程。《中药学》课程于2005年评为省级精品课程，2014年评为安徽省精品资源共享课程；2017年评为安徽省MOOC课程；2023年中药实验教学部分在《实验中医学》课程中被评为省级虚拟仿真实验课程。
研究方向一：方剂的文献与组方理论研究。该研究方向以“新安医学方剂文献的系统整理与理论阐发”为核心特色，打造全国方剂学领域中“新安方剂理论研究”的标志性高地，为学科其他方向（配伍规律研究、物质基础与机制研究）提供文献支撑与理论引领。研究重点为一、新安医学方剂文献的系统整理与数字化；二、新安医家组方理论体系研究；三、组方理论的临床转化与应用。
研究方向二：方剂配伍规律研究。以“新安医家配伍经验的科学阐释”为核心特色，综合运用数据挖掘、网络药理学、多组学技术等现代研究方法，系统揭示新安方剂的配伍规律与科学内涵，打造具有地域辨识度的“新安配伍规律研究”学术品牌，为学科“良方妙剂”转化平台提供核心方剂支撑。研究重点为一、新安医家配伍经验的系统挖掘与规律发现；二、配伍规律的现代科学阐释；三、名医经验与临床实践的对接转化。
研究方向三：方剂物质基础与方效机制研究。以“新安名方的物质基础解析与效应机制阐释”为核心特色，综合运用血清药物化学、多组学技术、网络药理学与分子生物学方法，系统揭示新安代表方剂的药效物质基础与作用机制，打造“物质清晰、机制明确、证据充分”的新安方剂现代研究体系，为学科提供科学支撑。研究重点为一、新安名方的药效物质基础解析；二、基于多组学技术的方效机制阐释；三、基于“方证相应”的病证结合机制研究。
