学科主要依托于药物化学系、省中医药科学院药物化学研究所、制药工程技术研究中心、省活性天然产物重点实验室。学科有良好的新药创制背景，参与研发的抗凝血I类新药已进入III期临床研究。自2018年获批校级重点建设学科以来，学科持续夯实人才队伍与平台建设，目前已形成一支省内领先、国内有影响力的学科团队，培养出省教学名师2人、省教坛新秀2人、省研究生教学名师1人、省研究生导师师德标兵1人、省优青1人、省青年拔尖人才3人、省教育厅优青项目获得者3名、“安中学者”1名、省级优秀青年研究生导师2名，引进4C或5类人才13名。学科拥有CADD工作站、药物活性筛选以及分子功能/靶标确证实验室、制药工程虚拟仿真实验室，并可通过院内平台便利使用大型分析/生物测试仪器。
本学科的制药工程专业为安徽省特色专业，获批国家级一流专业建设点。学科牵头组建了4个省级教学团队，2门课程被认定为国家一流课程，获得全国教学创新大赛二等奖/省级一等奖（正高组）、省级本科教学成果二等奖、省级研究生教学成果一等奖，指导学生获得“挑战杯”全国主体赛二等奖。近3年，主持国家自然科学基金项目9项，发表中科院一区论文20余篇，授权国家发明专利7项。
研究方向一：中药活性成分的结构修饰与改造。围绕恶性肿瘤、脑血管病、神经退行性疾病等重大疾病的临床治疗需求，以中医药理论为启发，从中药来源的活性成分或优势骨架、优势片段出发，融合现代药物设计原理与CADD，开展药物设计、合成及生物活性筛选，通过构效关系研究和多轮结构优化，发现候选药物。
研究方向二：基于生物学靶标的创新药物研发。立足于恶性肿瘤、自身免疫性疾病、特发性肺纤维化等重大疾病尚未被满足的临床治疗需求，针对介导疾病发生与发展的关键生物学靶标，借助AIDD和CADD，开展基于蛋白或配体结构的药物设计、合成、活性筛选、靶标确证与成药性评价，以发现候选药物。
研究方向三：药物合成工艺与合成方法学研究。以绿色、高效制备原料药、关键合成中间体或构建类药性骨架为目的，开展药物合成新工艺的探索与优化，发现药物合成的新方法、新反应与新试剂。
研究方向四：制药过程传质与分离。研究新型分离技术在中药提取分离、药物分离纯化、制药过程清洁生产、制药用水、制药废水近零排放和资源化等领域中的应用，探索其在制药工业过程中的共性规律，并建立传质模型、优化工艺过程，进行工程化应用研究，以膜分离、吸附分离、反应-分离耦合等技术为主要特色。
