中医基础理论学科历史悠久、积淀深厚、特色鲜明，是首批国家中医药管理局重点学科，在国家中医药管理局评审验收时获评优秀等次，建有中医基础理论研究所。本学科1981年成为我校首批硕士学位授予点，1999年成为北京中医药大学博士研究生联合培养点，2009年获批我校首个国家级教学团队，2013年成为博士学位授权学科，2023年成为国家中医药管理局高水平重点学科。
学科所辖课程《中医基础理论》2008-2020年先后被遴选为省级和国家级精品课程、国家级精品资源共享课程及国家级一流课程。学科先后承担国家科技支撑计划、“973”计划、国家自然科学基金等科研项目30余项。获国家科学技术进步奖二等奖、安徽省科学技术一等奖和中华中医药学会科学技术一等奖等科技奖项。获国家教学成果一等奖1项，安徽省教学成果特等奖、一等奖、二等奖20余项。承担国家级、省级质量工程项目30余项，主编、副主编与参编国家级规划教材及学术专著40余部，是国家级规划教材《中医基础理论》、《内经选读》主编单位，国家级研究生规划教材《中医基础理论专论》主编单位。
研究方向一：新安医学学术研究。该研究方向立足新安医学文献与学术传承，系统挖掘整理新安医家核心学术思想，围绕固本培元、命门动气、养阴清肺、元阴元阳、外损致虚、燥湿为纲等特色理论开展文献考证、内涵阐释与理论创新，丰富和发展中医基础理论体系。通过全面搜集整理史志资料与新安医籍，对经典论述进行疏注引伸，提炼具有原创价值的学术观点，进一步充实中医基础理论的学术内涵。运用现代信息技术与数字化方法，提升文献研究效率与利用水平，建设并完善新安医学文献数据库，实现珍贵医籍资源的长期保存、开放共享与高效利用。本方向坚持理论研究与学科建设、人才培养相结合，着力产出高水平专著、高质量学术论文与高级别科研教学成果，为中医基础理论学科持续发展提供坚实支撑，打造国内具有鲜明特色与重要影响力的新安医学基础理论研究阵地。
研究方向二：藏象理论与内经研究。该研究方向以《黄帝内经》为核心典籍，立足中医基础理论传承创新，系统开展藏象理论的文献考据、理论阐释、多学科交叉与临床转化研究。深入挖掘《内经》中五脏藏神、脏腑相关、阴阳五行、气血津液、经络病机等原创理论，结合校注、训诂、思想史等文献方法，厘清藏象学说的理论源流与学术内涵。融合文献学、信息学、实验医学等多学科方法，对《内经》理论进行现代诠释与科学验证，推动经典理论的现代化表达。紧密结合临床实际，围绕藏象理论开展病机规律、辨证思路、治则治法研究，促进《内经》理论向临床诊疗、养生康复、慢病防治等领域转化应用。本方向坚持经典传承与多学科创新并重，强化理论研究、实验研究与临床应用协同，产出高水平学术成果，为中医基础理论创新、中医药高质量发展提供经典支撑与理论引领。
研究方向三：中医治则治法研究。该研究方向以新安医学特色理论为核心，深度挖掘中医药经典文献与新安医家治则治法精华，聚焦益气活血、固本培元等优势治法，系统开展文献整理、理论诠释、机制阐释与应用基础研究。综合运用现代科学方法与实验技术，从分子、细胞、动物及临床多层次揭示治则治法的作用靶点、信号通路与调控途径，科学阐明其作用环节与内在机制，精准诠释中医治则治法的科学内涵。本方向坚持理论研究与临床需求、新药研发紧密结合，为临床诊疗优化提供理论指导，为中医药创新药物研发提供实验支撑与科学依据。通过高水平科研成果产出、高层次人才培养与科研平台建设，持续提升新安医学治则治法研究的学术水平与行业影响力，推动中医治则治法理论传承创新与现代化发展。
