学科以国家重大需求为导向，立足安徽资源，促进多学科交融，为中医药传承创新提供学术引领与人才支撑。本学科前身为1972年成立的植物化学教研室，2000年《中药化学》成为校级精品课程，2012年获批国家中医药管理局重点学科（2019年验收“优秀”），2023年入选国家中医药管理局高水平重点学科。依托中药学博士点、国家一流本科专业建设点及国家级教学团队，形成本-硕-博-博士后完整人才培养体系。
师资方面，拥有国家杰青刘吉开教授、国家青年拔尖人才杨小龙教授，自主培养安徽省“优青”等多名高层次人才，获批金传山老药工传承工作室。科研方面，围绕中药活性成分发现、功效物质基础、安徽道地药材资源化学三大方向，依托安徽省活性天然产物重点实验室等平台。教学方面，《中药化学》为省级一流课程，主编多部规划教材。产学研用方面，立足安徽药用植物资源，推动霍山石斛、菊花、灵芝、桔梗等道地药材研究与转化。
获安徽省科技进步二等奖3项（安徽药用菊花产业化、华佗救心丸工艺等）；主持国家重大新药创制专项“川阿格雷”、安徽省重大专项“吡拉格雷钠”（已进入III期临床）；助力霍山石斛收载于2020版《中国药典》；此外，在五子衍宗丸、通窍活血汤等复方研究方面形成特色。
研究方向一：安徽特色植物活性物质研究。以中医药理论为指导，加快安徽特色药用植物活性物质研究，构建植物资源中小分子化合物实物/虚拟库，尤其完善并丰富“十大皖药”中小分子结构类群，扩建其高分辨质谱数据库，并在原有的药效活性筛选模式上，针对目前国家重大疾病攻关上发掘潜在的先导分子。
研究方向二：中药有效成分的结构修饰与改造。基于上述活性模型筛选，探索其构效关系，完善上述中药有效分子的修饰和改造，加快中药小分子成药性研究，助推中药新药研发事业发展。
研究方向三：中药饮片炮制与质量控制研究。选择临床常用且最具中药炮制工艺特色的炭药及蒸制品种，寻找及注释炮制前后差异性物质结构，阐释炮制科学内涵；围绕安徽道地及主产特色中药资源，推进产地加工与炮制一体化研究进程。开展技术瓶颈攻关研究，构建符合中药饮片整体性及专属性的质量评价技术规范和标准体系。
研究方向四：中药及复方药效物质基础与作用机制研究。结合经典名方，深入探讨复方活性物质基础及作用机制；运用方证代谢组学、血清药理学/药物化学、网络药理学、分子生物学等技术手段，采用多学科交叉协作，建立效应成分筛选、评价体系，开展中药及复方的药效物质基础研究，阐释其效应分子机制，并将物质基础与效应机制有机联系，为新型组分中药的开发提供依据。
