临床中药学学科是国家中医药管理局“十二五”重点学科，依托医院药学部50余年发展积淀，结合安徽中医药大学中药学学科及医院临床药学、中药学与各临床学科建设，逐步发展成型。2009年，药学部“中药制剂实验室”获评国家中医药管理局三级实验室；2012年，药学部“临床药学”被确定为国家中医药管理局“十二五”重点专科，同年，“临床中药学学科”被确立为国家中医药管理局重点学科建设单位，2018年顺利通过验收。
学科秉承“南新安，北华佗”学术渊源，以中药临床应用为核心，以完善临床中药学学术体系、推动创新发展为目标，依托医院科研平台，紧密结合临床，聚焦中药临床应用中的实际问题，深化中药基础理论与临床应用研究，助力中药临床合理应用，成为连接中药学与中医学的重要纽带。近20年来，经过理论研究与临床实践，学科形成了新安医学临床中药制剂开发应用研究、徽派中药炮制工艺与机理研究、中药临床服务与安全合理用药研究三个明确稳定的研究方向，在学术水平、人才队伍、科研能力、设施建设及成果转化等方面成效显著，构建起兼具自身特色与优势的科研、教学、应用一体化学科体系。
研究方向一：新安医学临床中药制剂开发应用研究。以新安医学理论为指导，对国医大师、全国名中医及长期的临床实践中确有疗效的方药，及其特定的辨证用药经验加以固定、凝练、升华，实现方证相应。在此基础上，利用医院的中药制剂研究和开发平台，将其研制成新安特色医院制剂，促进“名医”经验上升为理论、“名方”向产品转化，实现“名医”“名方”“名药”“名院”的协同发展。
研究方向二：徽派中药炮制工艺与机理研究。该方向以“制药贵在适中”“地胜药灵”的徽派炮制原则与用药理念为核心理论指导，聚焦新安医家特色临方炮制技术及相关产品，运用现代技术方法，系统开展炮制工艺优化与炮制机理研究，深入探究中药炮制前后药性、药效的变化内涵，着力发掘、传承徽派炮制技术与理论精髓，助力“皖药徽制”的优势特色制药理念，为学科发展注入特色动力。学科依托医院科研平台，深化理论与临床研究，助力中药合理应用，构建起兼具特色与优势的科研、实训教学、临床应用，科普宣传一体化学科体系，为学科可持续发展奠定坚实基础。
研究方向三：中药临床服务与安全合理用药研究。以“十五五”中医药发展规划（2026-2030）为指导，立足医院新安医药学特色，以提升中药临床药师高水平服务能力、保障安全合理用药为核心。依托中药临床药师培训规范，着力培养素养高、服务强的专业人才；借助中华中医药学会及医院临床教学平台，深化培训教学改革与实践，推动中药临床药师向全面型、复合型发展，实现理论、临床实践与药学服务能力协同提升，进而强化学科在人才培养、高水平临床服务及科研领域的综合实力，彰显临床中药学的专业优势。
